กองแผนงาน สำนักงานอธิการบดี จัดตั้งขึ้นครั้งแรกตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย ลงวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2525  ในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 99 ตอนที่ 64  วันที่ 4 พฤษภาคม พ.ศ. 2525  ตามแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 5 (พ.ศ. 2525 - 2529)  จากผลการปรับปรุงส่วนราชการภายในสำนักงานอธิการบดี และสำนักบริการทางวิชาการและทดสอบประเมินผล โดยนำภาระหน้าที่พร้อมอัตรากำลังของแผนกวิจัยสถาบัน และหมวดออกแบบแผนกอาคารสถานที่  กองบริการและวางแผนพัฒนา  (ปัจจุบัน คือ กองอาคารสถานที่) รวมกับฝ่ายวิจัยและสถิติ  สำนักบริการทางวิชาการและทดสอบประเมินผล  จัดตั้งเป็นหน่วยงานระดับกอง โดยให้ชื่อว่า "กองแผนงาน" ประกอบด้วยงาน 6 งาน ได้แก่ งานธุรการ งานวิจัยสถาบัน งานวิเคราะห์และประสานการวางแผน งานวางผังแม่บท งานวิเทศสัมพันธ์ และงานบริการการศึกษา

          ต่อมาในปี พ.ศ. 2534 มีการประชุมปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี ตามแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดม ศึกษาระยะที่ 6 (พ.ศ. 2530-2534) โดยได้ขยายงานบริการการศึกษาและจัดตั้งเป็นกองบริการการศึกษาเพิ่มขึ้นอีกหนึ่งกอง กองแผนงานจึงรับผิดชอบบริหารงานตามโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการรวม 5 งาน ได้แก่  งานธุรการ  งานวิจัยสถาบัน  งานวิเคราะห์แลประสานการวางแผน  งานวางผังแม่บท  และงานวิเทศสัมพันธ์  ตามที่คณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัยอนุมัติ ปัจจุบันกองแผนงานเป็นส่วนราชการในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย  ลงวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2534 ลงในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 108 ตอนที่ 145 วันที่ 20 สิงหาคม 2534 โดยมีที่ตั้งสำนักงาน ณ บริเวณชั้น 6 อาคารวิทยบริการและบริหาร

ปี 2525 - 2528  รศ.เอนก เพียรอนุกูลบุตร

ปี 2528 - 2530  รศ.โกศล โรจนพันธุ์

ปี 2530 - 2532  รศ.สานิตย์ ชัยพัฒน์

ปี 2532 - 2537   รศ.มานัส บุญยัง

ปี 2537 - 2540  ผศ.สุวัฒน์ ศรีวิทยารักษ์

ปี 2541 - 2545   รศ.มานพ พราหมโชติ

ปี 2546 - 2564  รศ.นพคุณ คุณาชีวะ 

ปี 2565               ผศ.ดร.สาธิษฐ์ นากกระแสร์

ปัจจุบัน               รศ.นพคุณ คุณาชีวะ

ผู้อำนวยการกองแผนงาน เริ่มก่อตั้ง - ปัจจุบัน

ปี 2525 - 2531  นางสาณี คันธมาทน์

ปี 2531 - 2532  นายสมศักดิ์ สันธินาค

ปี 2532 - 2534  นางสาณี คันธมาทน์

ปี 2534 - 2541  นายเฉลิมเผ่า อจละนันท์

ปี 2541 - 2559  นางดุษฎี ธรมธัช

ปี 2560              นายวีรชัน  พันธุ์นรา (รักษาราชการแทนผู้อำนวยการกองแผนงาน)

ปี 2561 - 2563  นายสนั่น  พรหมหาญ 

ปี 2564 - 2565 นายคนอง  วรรณศรี (รักษาราชการแทนผู้อำนวยการกองแผนงาน)

ปี 2566              นางยุวดี  ภักดีวานิช (รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการกองแผนงาน)

ปัจจุบัน              นางสาวอุมาภรณ์  ไทยเจริญ (ปฏิบัติหน้าที่ในตำแหน่งผู้อำนวยการกองแผนงาน)

หมายเหตุ : ตั้งแต่ปี 2525 - 2537 ใช้ว่ารองอธิการบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนาและเปลี่ยนเป็นรองอธิการบดีฝ่ายนโยบายและแผนตั้งแต่ปี 2537 - ปัจจุบัน